按照重庆市重点实验室的建设方针，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。实验室在学术委员会指导下，实行依托单位党政领导下的主任负责制，实行研究群体为科研主体、课题组为基本科研单元、技术支撑系统提供公共技术服务的管理模式。实验室设立1名副主任，设立实验室办公室，配备专门管理人员协助实验室主任进行日常管理与实验室的协调等工作。实验室建立学术委员会，其主要职能是审议实验室的研究方向、研究重点、审批开放课题、评议课题的研究进展和审议实验室重大学术活动等。

岩溶环境重庆市重点实验室组织结构图